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浙江省3个地方猪种繁殖性状的全基因组关联分析

浙江省3个地方猪种繁殖性状的全基因组关联分析

作者:阮鹏;黄敏婕;郭晓令;徐宁迎

作者机构:浙江大学动物科学学院,浙江杭州310058;浙江大学动物科学学院,浙江杭州310058;浙江大学动物科学学院,浙江杭州310058;浙江大学动物科学学院,浙江杭州310058

来源:中国畜牧杂志

ISSN:0258-7033

年:2018

卷:054

期:007

页码:35-40

页数:6

中图分类:S828.2

正文语种:chi

关键词:繁殖性状;GWAS;META分析;FDR校正;Bonferroni校正;候选基因

摘要:本研究使用全基因组关联分析(GWAS)技术对嵊县花猪(SXHZ)、金华猪(JHZ)和淳安花猪(CAHZ)繁殖性状关联性强的SNP位点进行定位,寻找可能影响这些性状的基因.采集SXHZ 114头、JHZ 185头和CAHZ 31头血样制成干血斑样本,提取DNA将质检合格的样品用Illumina平台的GGP Porcine50K SNP芯片作基因型判定.繁殖性状数据来自各取样猪场.对SNP标记和样本进行质控,筛选合适数据作GWAS分析,定位出显著位点,在Ensembl和NCBI上寻找候选基因.结果表明:SXHZ独立GWAS有160个SNPs呈FDR校正水平显著;JHZ独立GWAS有124个SNPs呈FDR校正水平显著;经过META分析得到337个SNPs呈FDR校正水平显著,16个SNPs呈Bonferroni校正染色体水平显著;CAHZ的独立GWAS由于样本量小,初步分析的结果可靠性不高.初步筛选出SXHZ的候选基因为SEMA4D、EYA4、ZC3H 12D、BANP、DIP2B

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